整体医学体系是一套完整的理论与实践体系，它与传统西医是独立发展或并行发展的。其中有许多是各种文化中流传下来的传统医学体系。主要的东方整体医学体系包括中医、日本汉方医学，以及印度的传统医学之一——阿育吠陀医学。西方主要的整体医学体系包括顺势疗法和自然疗法。还有其他一些医学体系，则是由美洲原住民、非洲人、中东人、藏族以及中美洲和南美洲的民族所发展出来的。
中医是一套完整的医疗体系，其文字记载可追溯到公元前200年。韩国、日本和越南都基于源自中国的传统医学理念，发展出了各自独特的医学体系。在中医看来，人体处于阴阳两种相互对立却又密不可分的力量的平衡状态之中。阴代表寒冷、缓慢或被动的事物，而阳则代表炎热、活跃或主动的事物。中医的主要假设之一是：保持身体处于“平衡状态”才能维持健康，而疾病则是由于阴阳失衡所导致的。这种失衡会阻碍气（即生命能量）在经络中的流动。中医医师通常会使用草药来治疗疾病。针灸，以及按摩帮助患者疏通气机，从而让身体恢复和谐与健康状态。
中医的治疗通常会根据每位患者体内失衡状态的差异来制定相应方案，这种治疗方式是以个体化诊断为基础的。其诊断方法也与传统医学有所不同。中医主要有三种治疗方法：
1. 针灸以及艾灸（在皮肤上方燃烧草药，为穴位带来热量）
2. 《中国药典》（中医所使用的天然产物目录）
3. 按摩与手法操作
虽然中医认为，《本草纲目》中记载的天然药材或针灸疗法可以单独用于治疗几乎所有的疾病，但实际上它们往往会被一起使用，有时还会与其他治疗方法结合使用（如按摩、艾灸、饮食调整或运动）。
下文将探讨有关某些中医疗法的科学证据。
Acupuncture
针灸被广泛用于缓解或治疗。疼痛预防根据美国国立卫生研究院的研究，针灸对其他多种健康问题也具有潜在的临床应用价值。如今，人们认为针灸在以下方面具备临床应用价值：恶心以及 呕吐由化疗引起或作为手术的后遗症，程度较轻的——背痛, 颈部疼痛骨关节炎与膝痛，紧张型头痛, 偏头痛以及牙痛。也有少量证据表明它可能在治疗其他疾病方面也具有作用。慢性疼痛障碍。
已有研究记录了针灸的效果，但尚无法在西方医学体系框架下完全解释针灸的作用机制。
有研究认为，针灸是通过以高于正常水平的速度传导电磁信号来发挥作用的，从而促进体内特定部位的镇痛生化物质——如内啡肽——以及免疫系统细胞的活性。此外，还有研究表明，针灸或许还能改变……大脑通过改变神经递质与神经激素的释放，并影响中枢系统的相应部位来发挥化学作用。神经系统与感觉及不受意识控制的身体功能有关，例如免疫反应，以及与人体相关的一系列生理过程。血压, 血液流动，以及体温受到规范。
中药学
中药学是一本关于用于中药中的各种药材信息的标准参考书。这些药材通常含有数十种生物活性成分。地理位置、采收季节、采收后的加工方式以及储存条件等诸多因素，都可能对这类生物活性成分的浓度产生重要影响。在很多情况下，很难确定是哪种化合物决定了某种草药的药用价值。此外，中医中通常会将多种草药组合在一起使用，这就使得草药制剂的标准化变得极为困难。更让针对中医草药的研究更加复杂的是，在实际应用中，经典方剂中的各种草药的配比会根据个体的诊断结果进行调整。
在过去的几十年里，人们付出了大量努力来研究传统中医方剂中所使用的单味中药以及多种中药组合的疗效与效果。以下便是此类研究的实例：
· Artemisia annua古代中国医学家发现，这种草药具有控制……的作用。发热20世纪70年代，科学家从……中提取出了化学物质青蒿素。Artemisia annua青蒿素是用于合成半合成青蒿素的起始原料，而这类半合成青蒿素已被证实具有治疗作用。疟疾并且被广泛使用。草药制剂中的青蒿素浓度低于药品中的浓度，有人担心单独使用它作为治疗手段可能会引发耐药性。
· Tripterygium wilfordii Hook F (Chinese Thunder God vine)雷神藤在中医中被用于治疗自身免疫性疾病和炎症性疾病。最早的小规模随机对照研究……安慰剂在美国进行的一项关于雷神藤提取物的对照试验显示，该提取物对类风湿性关节炎患者具有显著的剂量依赖性治疗效果。然而，在规模更大的非对照研究中，人们发现雷神藤提取物存在对肾脏、心脏、造血系统以及生殖系统的毒性作用。
阿育吠陀，其字面意思即为“生命的科学”，是一种在印度发展起来的自然疗法。阿育吠陀的典籍中提到，那些创造了印度最初的冥想体系的人……瑜伽奠定了这一医学体系的基础。它是一种全面的医疗体系，同样重视身体、心灵与精神层面，致力于恢复个体的内在平衡。阿育吠陀医学的主要治疗方法包括饮食调节等。锻炼冥想、草药、按摩、晒太阳以及有规律的呼吸练习。在印度，阿育吠陀疗法被用于治疗各种疾病（如糖尿病、心血管疾病和神经系统疾病）。不过，对印度医学文献的调查显示，其中所发表的研究成果的质量并不高。临床试验在随机化标准、样本量以及适当的控制措施方面，通常未能达到当代的方法学标准。
自然疗法是一种源自欧洲的医疗体系，它认为疾病是身体自我修复机制出现异常所导致的。这种疗法既注重疾病的治疗，也强调恢复健康。 “自然疗法”这一名称的字面意思就是“自然的疾病治疗法”。如今，自然疗法或自然医学已在欧洲、澳大利亚、新西兰、加拿大以及美国得到应用。在北美，有六项原则构成了自然疗法实践的基础（并非所有原则都是自然疗法所独有的）：
1. 大自然的治愈力量
2. 病因的识别与治疗
3. “首先不造成伤害”的理念
4. 以医生为教师的角色
5. 整体治疗
6. 预防
支撑这些原则的核心方法包括饮食调整与营养干预。补充内容草药治疗、针灸与中医疗法、水疗、按摩及关节矫正，以及生活方式咨询。此外，在某些州，自然疗法师在获得相应执照后，可以使用部分甚至全部普通医生所能使用的药物。治疗方案是由治疗师根据每位患者的具体情况，选择最合适的疗法来制定的。
截至本文撰写时，尚无针对自然疗法作为完整医学体系而进行的专门研究，因为这类研究的设计相当困难。不过，已有许多植物被进行了广泛的研究，其中一些也被自然疗法医生所使用。例如，在一项针对524名儿童的研究中，紫锥菊并未被证明具有治疗效果。治疗感冒。
相比之下，有一项针对171名儿童所进行的规模较小的双盲试验，该试验研究了含有紫锥菊、蜂胶（从蜂巢中采集的树脂状物质）以及维生素C的草药提取液在缓解耳痛方面的效果。试验结果表明，这种提取液可能有助于缓解急性中耳炎引起的耳痛。另一种名为Otikon Otic Solution的天然提取物也被发现具有与麻醉剂类似的疗效，该提取物是以橄榄油为载体，其中含有大蒜、马鞭草、金盏花以及贯叶金丝桃等成分。耳滴并被证明适用于治疗急性中耳炎引起的耳痛。
另一项研究比较了蔓越莓片（被自然疗法医生、传统西医以及草药师所使用）、蔓越莓汁以及安慰剂在预防尿路感染方面的临床效果与成本效益。与安慰剂相比，蔓越莓汁和蔓越莓片都能减少尿路感染的发作次数。而蔓越莓片被证明是预防尿路感染最具成本效益的方法。
顺势疗法
顺势疗法是一套完整的医学理论与实践体系。它的创立者是德国医生塞缪尔·克里斯蒂安·哈内曼（1755-1843），他提出，可以根据某种药物所引发的症状与患者疾病症状的相似程度来选择合适的疗法。他将这一原则称为“相似性原则”。哈内曼让健康的志愿者反复服用各种常见的药物，并仔细记录这些药物所引发的症状。这一过程被称为“验证”，在现代顺势疗法中则称为“人体病理试验”。通过这种试验，哈内曼根据药物所引发的症状与患者实际症状之间的对应关系，制定了针对病人的治疗方法。从一开始，哈内曼就强调要仔细了解一个人的健康状况的方方面面，包括其情绪和心理状态，以及各种细微的特殊特征。
由于顺势疗法所使用的剂量极小，甚至可以视为没有剂量，因此科学界对其有效性存在先验的怀疑态度。不过，医学文献中确实有相关研究的记载。关于顺势疗法有效性的研究主要涉及三个领域：
1. 顺势疗法药物与安慰剂的比较
2. 关于顺势疗法对特定临床病症疗效的研究
3. 关于浓度生物学效应的研究，尤其是超高稀释度下的研究
有五项系统评价和元分析研究了顺势疗法药物与安慰剂相比的疗效。这些评价表明，总体而言，关于顺势疗法的临床研究质量较低。不过，当选取高质量的研究进行分析时，有相当多的研究显示出了积极的疗效。
总体而言，临床试验的结果并不一致，系统评价和荟萃分析也未能证明顺势疗法是治疗任何疾病的有效方法。
尽管不同的医疗体系在疾病预防与治疗的理念上存在差异，但它们仍有一些共同的要素。这些体系都基于这样一种信念：人体具备自我治愈的能力。治疗过程通常会运用多种方法，涉及身体、心理和精神层面。治疗方案也会根据患者的具体症状来制定，因人而异。迄今为止，NCCAM的研究工作主要集中在那些具有充分实验依据的个体化疗法上，而非对通常所采用的整体医学体系进行评估。
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